忍者が使ったといわれる暗号の一つに「忍びいろは」がある。いろは文字は、「い」に始まって「ん」まで四十八文字ある（「ゐ」「ゑ」も含む）。それを、七つのへんと、七つのつくりによってできる文字で表す。当然、漢字の様に見えるわけだが、漢字でないものも含まれている。これを手紙をやり取りする双方で事前に申し合わせておき、暗号で連絡を取った。しかし、申し合わせのできていない時は、密書を持ち運ぶ者に奪い取られないように十分に注意させ、普通の文字で書いた。時には三つに分割して、三人の忍者に運ばせたりもした。誰の筆跡かがばれて困る時には、筆を糸で天井からつるして、癖が出ないようにして書いた。
密書を運ぶ時も、編み笠の内側の頭が当たる台座に挟んだり、「元結い通信」といって、頭の髪の毛を束ねるために使う元結いを密書にしたり、着物の襟に縫い込んだりして、体から離さないようにしていた。また、卵の殻とか、くるみの殻の中に入れるなど、敵にわからないようにして運んだ。